< Tests
Hangi yaklaşımlar büyük ölçekli taramayı hızlandırabilir?
Metin güncellendi 2020-11-01
Servis taleplerini izlemek, büyük ölçekli sınamaların hızlandırılmasını ve genelleştirilmesini gerektirir. Basit ve hızlı testler zaten mevcuttur, referans testleri alternatif (nazofaryngeal örnekleme ve "RT-qPCR" ölçümü): 1) örnekleri basit, özerk, kontaminasyon riski ve minimal invaziv olmayan yapmak için: örnekleme çok sayıda içeren tükürük dayalı olabilir Virüs (bkz. "Coronavirus için test etmek için hangi örnek: nazofaneal veya oral?"); 2) Test süresini kısaltmak için, hızlı algılama yöntemleri antijenlerin doğrudan tespitini Virüs (sözde "antijenik" testler). Düşük viral yük içeren vakaları kaçırmamak için, hızlı amplifikasyon adımı olan başka bir test vardır: bu "RT-LAMP" yöntemidir; 3) COVID-19 olgularını büyük ölçekte tespit etmek için yapılacak test sayısını azaltmak için, numunelerin "havuzlama" olarak bilinen gruplarhalinde birleştirilmesi planlanmalıdır. Bakınız "Havuzlama: Neden ve Ne için?"
Not. Algılama testleri arasında ayrım yapmak gereklidir Virüs şu anda enfekte olup olmadığını öğrenmek için Virüs (bkz. "Ben ile enfekte olup olmadığını temel testi nedir Korona virüsü (SARS-CoV-2) ? ile enfekte olduğunu gösteren serolojik testler Virüs bağışıklık yanıtımızı tespit ederek (bkz. "CoVID-19'um olup olmadığını görmek için testler nelerdir?").
Test için Virüs bizim bedensel salgılar ya çok amplifikasyon süreci ile çok hassas olabilir Virüs (PCR veya RT-LAMP yöntemi) Virüs amplifikasyonu olmadan doğrudan tespit edilir Virüs (sözde "antijenik" testler).
Tükürük: basit, otonom ve daha az duyarlı bir örnekleme yöntemidir. Son zamanlarda tükürük analizine dayalı testlerin hassas olduğu saptamıştır çünkü viral yük yüksektir. Tükürük toplama kolay olduğundan, bireyler bile bağımsız olarak kendilerini toplayabilir.
Şaşırtıcı bir şekilde, Virüs tükürük çok kararlıdır: oda sıcaklığında bir haftadan fazla, 4oC fazla 2 hafta ve -80oC de dondurucuda ay kadar direnir. Böylece tükürük numunesi toplama sistemi basit ve ucuz olabilir.
Tüm bu nedenlerden dolayı, tükürük testleri çok hızlı ve büyük ölçekli testler için umut verici. "Coronavirus varlığı için test etmek için ne örnek bakınız: nazofaryngeal veya oral?"
Pozitif durumları belirlemek ve örnekleri birleştirerek test maliyetini azaltmak için daha az test yapın. Aynı evde ki birkaç kişiden alınan numunelerin tek bir havuzda birleştirilmesi, popülasyondaki enfekte salgınların tespitinin optimize edilebilebilir. "Havuzlama: neden ve neden?" ve "Grup testlerinde yanlış negatiflerin riskleri nelerdir?" sorularına bakın. Havuzlama numunesi havuzlama tekniği, pcr başına yapılacak standart testlerin sayısını azaltarak, vaka tespitinde zamandan ve verimlilikten tasarruf sağlar ve maliyetleri azaltır. Numuneleri, test havuzlarını ve pozitiflik durumunda bireyleri ayrı ayrı test etmek mümkündür.
Tespit Virüs bireysel ve kolektif tarama için viral dizinin hızlı amplifikasyonu: RT-LAMP yöntemi ve LAMP-seq yaklaşımının umudu.
RT-qPCR'den daha hızlı polimeraz Zincir Reaksiyonu ("PCR") üzerine yapılan testler, yarım saat içinde yapilebilen döngü aracılı izomik amplifikasyon tekniği olan RT-LAMP gibi mevcuttur. Bu yöntem bireysel tarama için kullanılabilir ve Fransa'da SkillCell (EasyCov testi) tarafından tükürük örnekleri için pazarlanır.
RT-LAMP yöntemi büyük ölçekli tarama için konseptin yeni bir kanıtı na uyarlanmıştır: bu LAMPseq yaklaşımıdır. Her bireyin örneğine "barkod" ekleyerek, birden fazla kişiden (on binlerceye kadar) örnekleri birleştirmek ve her bireyin sonucunu tek bir testte tanımlamak mümkündür! Barkod, genomu yükseltmek için kullanılan astarlara yapıştırılmış küçük bir DNA dizisidir. Virüs . Yani örneklerden birinde coronavirus varsa, viral sekans bireyin kimlik barkoduyla aynı anda büyütülecektir. Büyük sıralama sayesinde, bu taşıyan kişiye geri izlemek mümkündür Virüs havuz içinde. "LAMPseq" mutlaka rt-LAMP yarım saat sonra örnekleri on binlerce işlemek için, sıralanır ve dizileri yorumlamak için daha uzun sürer. Ancak, barkod sayesinde numune karışımındaki her bireyin kimliğini bildiğimiz için aynı numuneleri yeniden test etmek için bu yaklaşıma gerek yoktur. Test popülasyonundaki COVID-19 olgularının pozitiflik oranının, bu yöntemle biraraya getirecek örnek sayısına kısıtlamalar getirdiğini unutmayın.
Yüzeyindeki molekülleri tespit ederek yüksek kirletici pozitif olguları hızlı bir şekilde bulmak Virüs duyarsız ama hızlı antijenik testler. PCR testleri genetik materyali algılarken Korona virüsü (SARS-CoV-2) (RNA), antijenik testler yüzeyindemolekülleri tespit Virüs , genellikle nükleokapyan protein. Bu testler hızlıdır (30 dakikadan az) ve bir grup olayı sırasında etkili bir şekilde kontamine olabilecek yüksek viral yükü olan kişileri tespit etmek için yararlı olabilir. Bu testler çok özel Virüs , ancak dizinini algılayan PCR reaksiyonu kadar hassas değildirler. Virüs bir amplifikasyon işleminden sonra. Sonuç olarak, bu antijenik testler yanlış-negatif hata yapma riski daha yüksektür. Bu testlerin düşük duyarlılığı nedeniyle, negatif antijenik test ile semptomatik veya kontakt olguların daha hassas bir PCR testi ile sonuçlarını doğrulamak için teşvik edilir.
Kaynaklar
Tükürük testlerinin güvenilirliğini gösteren ilk çalışmalardan biridir.
Azzi, L., Carcano, G., Gianfagna, F., Grossi, P., Dalla Gasperina, D., Genoni, A., Maurino, V. (2020). Tükürük algılamak için güvenilir bir araçtır Korona virüsü (SARS-CoV-2) . Enfeksiyon Dergisi.Tükürük testlerinin güvenilirliğini gösteren ilk çalışmalardan biridir.
Williams, E., Bond, K., Zhang, B., Putland, M., Williamson, D.A. (2020) Tükürük tespiti için non-invaziv bir örnek olarak Korona virüsü (SARS-CoV-2) . J Clin Microbiol. pii: JCM.00776-20.Yale Üniversitesi'ndeki araştırmacılar tükürük testlerinin nazofarenkeal örneklerde (n -70 COVID hastaları) yapılanlardan daha hassas olduğunu göstermektedir:
Wyllie, A. L., Fournier, J., Casanovas-Massana, A., Campbell, M., Tokuyama, M., Vijayakumar, P., ... - Petrone, M. E. (2020). Tükürük için daha duyarlıdır Korona virüsü (SARS-CoV-2) nazofanetgeal bezlere göre COVID-19 hastalarında saptanabilir. New England Journal of Exp. Medicine, 24 Eylül 2020, 383: 1283-1286.Bu, Virüs oda sıcaklığında bir haftadan fazla tükürük, 4 santigrat derecede 2 haftadan fazla ve -80 santigrat derecede dondurucuda ay boyunca stabildir. Bu gözlemler basit ve ucuz bir toplama sisteminin mümkün olduğunu göstermektedir:
Ott, IM, Strine, MS, Watkins, AE, Boot, M, Kalinich, CC, Harden, CA, Vogels, CBF, Casanovas-Massana, A, Moore, AJ, Muenker, MC, Nakahata, M, Tokuyama, M, Nelson, A, Fournier, J, Bermejo, S, Campbell, M, Datta, R, Dela Cruz, CS, Farhadian, SF, Ko, AI, Iwasaki, A, Grubaugh, ND, Wilen, CB, WYill, Korona virüsü (SARS-CoV-2) algılama pahalı toplama aygıtları için ihtiyaç yok eder.Fransız Guyanası'ndaki Amazon yağmur ormanlarında yapılan Fransız COVISAL çalışması tükürük toplamanın ilgi ve kolaylığını gösteriyor. Saha çalışması, laboratuvar koşullarında (Yale Üniversitesi, Hokkaido Üniversitesi) ve sahada alınan gruplar arasındaki varyasyonları ortaya koymaktadır. 25 asemptomatik olguya dayanan bu çalışma, Yüksek Sağlık Kurumu'nun sadece hastalık belirtileri (https://www.has-sante.fr/jcms/p_3202317/fr/covid-19-les-tests-salivaires-peuvent-completer-les-tests-nasopharynges-chez-les-personnes-symptomatiques)
Nacher, M, Mergeay-Fabre, M, Blanchet, D, Benois, O, Pozl, T, Mesphoule, P, Sainte-Rose, V, Vialette, V, Toulet, B, Moua, A, Simon, S, Guidarelli, M, Galindo, M, Biche, B, Faurous, W, Abad, F, Fahrasmane, A, Rochemont, D, Vignier, N, Vabret, A, Demar, M. COVISAL Guyana, Nacher, M, Demar, M. Toplu tarama için aliva ve nasopharyngegea örnekleme için muhtemel karşılaştırma COVISAL Guyana, Nacher, M, Demar, M. COVID-19 için kitle taraması için tükürük ve nazofaferal bez örnekleme prospektif karşılaştırma.Bir evde numunelerin birleştirilmesi, popülasyondaki enfekte salgınların tespitini optimize edebilir:
Hogan, C.A., Sahoo, M. K., Pinsky, B.A. (2020). Topluluk İletimini Tespit Etme Stratejisi Olarak Örnek Havuzlama Korona virüsü (SARS-CoV-2) . Jama, ne oldu?55 asemptomatik COVID olgusu üzerinde yapılan yakın tarihli bir Japon çalışması, tükürüğün yüksek performanslı bir örnekleme yöntemi olduğunu göstermektedir. Korona virüsü (SARS-CoV-2) asemptomatik hastalarda bile: tükürük örneklemesinde %92 duyarlılık, nazofatüral örneklemede %86, eşleşme olasılığı %99.8'dir. Testler, havaalanlarıyla iletişim eyleen veya gelen 1950'den fazla kişi üzerinde gerçekleştirilmiştir:
Yokota, I, Shane, P, Okada, K, Unoki, Y, Yang Y, Tasuku, I, Sakamaki, K, Iwasaki, S, Hayasaka, K, Sugita, J, Nishida, M, Fujisawa, S, Teshima, T. (2020). Asemptomatik kişilerin kitle taraması Korona virüsü (SARS-CoV-2) tükürük kullanarak. 10.1101/2020.08.13.20174078.Farklı RT-qPCR sistemleri ve RT-LAMP sistemini karşılaştıran 103 pozitif olgu üzerinde yapılan bir Japon çalışması, RT-qPCR'Nin daha hassas olduğu sonucuna vardı.
Ikeda, M, Imai, K, Tabata, S, Miyoshi, K, Mizuno, T, Murahara, N, Horiuchi, M, Kato, K, Imoto, Y, Iwata, M, Mimura, S, Ito, T-Tamura, K, Kato, Y. (2020). RT-qPCR, direkt RT-qPCR, RT-LAMP ve COVID-19 tanısı için hızlı bir antijen testi ile kendi kendine toplanan tükürük klinik değerlendirilmesi. 10.1101/2020.06.06.20124123.Tükürük ön işlemden sonra RT-LAMP kullanan EasyCOV algılama kiti, Korona virüsü (SARS-CoV-2) 220 kişi ile yapılan ilk çalışmaya göre 40 dakika %87.5 hassasiyetle.
Çalışma sonunda toplam 720 kişinin entegre edilmesi bekleniyor.LAMP-Seq tekniği, 12'si RT-PCR tarafından pozitif olan 28 kişilik bir grup üzerinde geliştirilmiş ve doğrulanmıştır. LAMP-Seq yaklaşımı ile 12 kişiden 12'sinin pozitif olduğu saptandı. Yanlış ve yanlış-pozitif oranlar uygulamanın kesin koşullarına bağlıdır ve hedef popülasyondaki maksimum pozitif vaka oranına kısıtlamalar getirecektir:
Schmid-Burgk, JL, Schmithausen, RM, Li, D, Hollstein, R, Ben-Shmuel, A, İsrail, O, Weiss, S, Paran, N, Wilbring, G, Liebing, J, Feldman, D, Saabicki, M, Lippke, B, Sib, E, Borrajo, J, Strecker, J, Reinhardt, J, Hoffmann, P, Cleary, P, Feldzel, M, Nethen, MM, Exner, M, Ludwig, KU, Regev, A, Zhang, F. LAMP-Seq-Scale-Scale-Scale:Tükürük örneklerinde 5 ile 20 arasında gruplandırılan testler, SalivaDirect testinin arkasında da Yale Üniversitesi ekibi tarafından:
Watkins, A. E., Fenichel, E. P., Weinberger, D.M., Vogels, C.B., Brackney, D. E., Casanovas-Massana, A., ... - Cruz, C. S. D. (2020). Tükürük havuzu artırmak için Korona virüsü (SARS-CoV-2) kapasiteyi test etmek. medRxiv.Almanya'da, Saarland topraklarında, salgın dan korunma amacıyla 5 ila 30 arasında grup testleri:
Lohse, S., Pfuhl, T., Berk-Gttel, B., Rissland, J., Gei-ler, T., Gortner, B., ... - Smola, S. (2020). Test etmek için numuneleri birleştirme Korona virüsü (SARS-CoV-2) asemptomatik kişilerde. Lancet Bulaşıcı Hastalıklar.Bir çalışmada 106 örnek üzerinde hızlı antijenik test "Coris COVID-19 Ag Respi-Strip" özgüllüğü ve duyarlılığı incelenir: test spesifik ise (%100), pozitif olguların tespit oranı çok düşüktür (%30).
Scohy, A., Anantharajah, A., Bodéus, M., Kabamba-Mukadi, B., Verroken, A., Rodriguez-Villalobos, H. (2020). COVID-19 tanısı için ön hat testi olarak hızlı antijen algılama testidüşük performans. Klinik viroloji Dergisi: Pan American Society for Clinical Virology'nin resmi yayını, 129, 104455.LUMILUSTRE antijenik testinin 313 örnek üzerindeki performansını inceleyen bir Japon çalışması, bu testlerin Korona virüsü (SARS-CoV-2) (99.6%) ancak çok hassas değildirler (duyarlılık %55,2 Virüs PCR).
Hirotsu, Y, Maejima, M, Shibusawa, M, Nagakubo, Y, Hosaka, K, Amemiya, K, Sueki, H, Hayakawa, M, Mochizuki, H,Tsutsui, T, Kakizaki, Y, Miyashita, Y, Yagi, S, Kojima, S, Omata, M. Korona virüsü (SARS-CoV-2) 7 seri takip edilen hastalardan olmak üzere 313 nazofaligeal bez kullanarak kantitatif RT-PCR ile COVID-19 enfeksiyonu için antijen testi. Int J Enfekte Dis. 2020 Eki; 99: 397–402. doi: 10.1016/j.ijid.2020.08.029Antijenin hızlı floresansının immünolojik testleri Korona virüsü (SARS-CoV-2) başlangıcından itibaren ilk 5 gün içinde hastaları belirleyebilir hastalık belirtileri , solunum salgıları yüksek viral yükler taşıdığında, bu testlerin erken veya bulaşıcı vakaları tespit etmek için PCR bağımsız gelecekteki stratejilerde önemli bir rol oynayabilir düşündürmektedir:
Porte, L, Legarraga, P, Iruretagoyena, M, Vollrath, V, Pizarro, G, Munita, JM, Araos, R, Weitzel, T. Rapid Korona virüsü (SARS-CoV-2) immünororesans ile antijen tespiti - enfekteliği tespit etmek için yeni bir araç